基因表观遗传学癌症检测技术概述

高通量5hmc DNA羟甲基化癌症检测技术简介


技术优势
技术对比

下表列出了高通量5hmC DNA羟甲基化检测技术与现有肿瘤液体活检技术以及现有血液基因测序平台技术参数之间的比较,两组比较均凸显了TED检测在肿瘤检测中的优势。


  与液体活检平台比较


液体活检平台
蛋白肿瘤标记物
CTC 易毕恩高通量5hmc DNA羟甲基化检测
检测范围 特异性癌症 肺癌 各种类型的癌症
敏感度 <60% 67% >90%
组织特异性
较弱 较强 明确区分
血液需求
<2mL >5mL 8mL
分期检测
中晚期 中晚期 早中晚期


  与现有血液基因测序平台技术参数对比


技术
甲基化Septin9检测
基因突变 易毕恩高通量5hmc DNA羟甲基化检测
基因检测区域 启动子CpG区域 外显子突变 启动子区域和基因功能区域
检测基因位点数 1个基因启动子区域 多个突变位点 >17000个基因
基因检测方法
qPCR 基于Panel的高通量测序 高通量测序
敏感性/特异性
75%/85% ~60%/>90% >90%/>90%
组织特异性
肿瘤分期检测能力 早期 中晚期 早中晚期
癌症主要应用范围 肠癌筛查 用药指导 多种癌症筛查、预后复查
公司技术主要文献
作  者
期  刊
影 响 因 子
Song C. et al. Nat. Biotechnol. 2011, 29, 68-72 41.67
Song C. et al.
Nat. Methods. 2011, 9, 75-77 25.06
Szulwach K. et al.
Nat. Neurosci. 2011, 14, 1607-1616 17.84
Yu M. et al.
Cell. 2012, 149, 1368-1380 30.41
Song C. et al.
Cell. 2013, 153, 678-691 30.41
Wang T. et al.
Nat. Cell. Biol. 2013 20.06
Jiang L. et al. Cell. 2013, 153, 773-784 30.41
Jeong M. et al. Nat. Genet. 2014, 46, 17-23 27.96
Wang L. et al. Cell. 2014, 157, 979-991 30.41
Feng J. et al. Nat. Neurosci. 2015, 18, 536-544 17.84
Xia B. et al. Nat. Methods. 2015, 12, 1047-1050 25.06
Han et al. Mol. Cell. 2016, 63, 1‒9 14.71
Song C. et al. Cell Res. 2017, 27(10):1231-42 15.61
Li W. et al. Cell Res. 2017, 27(10):1243 15.61
Tian X. et al. Cell Res. 2018, 0:1-4 15.61
检测流程

 我们如何检测5hmC?



易毕恩5hmc全基因组测序癌症检测分为四步:


第一步.5hmC信号捕获:通过易毕恩全球独家专利的化学标记捕获技术可特异性富集全基因组近2万个含有5hmC修饰的基因片段。

第二步.二代测序:对富集到的基因片段进行二代测序,获得全基因组5hmC的分布和含量。

第三步.机器学习和建模分析:通过收集、检测上万人的血液样本建立属于中国人特征的数据库信息,有针对性的对中国健康人群和不同癌症的人群进行系统全基因组信息分析。

第四步.生成数据与发送报告:通过大数据对比找出癌症人群中特异的 5hmC 信号,并通过机器学习的方法建立癌症预测模型,以及独立样本加以验证。生产部收到样本后10个工作日内发送报告。


易毕恩5hmc全基因组测序癌症检测四步流程图



易毕恩5hmc全基因组测序检测四步流程图

延伸阅读——基因表观遗传学与全基因组测序知识

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